本校原名火燒島公學校，創設於民國十年五月，民國卅年改稱為火燒島國民學校。台灣光復後更名為台東縣火燒島國民學校。民國卅九年更名為台東縣中寮國民學校。因學區人口增加，民國四十年八月先後創設大湖分班與公館分校，民國四十二年再更名為台東縣綠島國民學校。民國四十六年八月公館分校脫離本校獨立，溫泉分班＊原大湖分班＊劃歸公館國校，民國五十七年八月政府命令實施九年制國民教育，正名為台東縣綠島鄉綠島國民小學至今。本校一切設施，經歷任校長及同仁辛勤耕耘已略具規模，但重要教學設備及專科教室仍急待充實與建置。