綠島由於海水潔淨、陽光充足，所以海底孕育出炫爛的珊瑚礁世界，其中最負盛名的，當然是有千年歷史的「香菇頭」，還有在珊瑚礁群討生活的各種魚類，形成生氣勃勃的海底世界，有如一座天然的海洋花園。其中大白沙、石朗和柴口為綠島最著名的潛水地點。

大白沙設置有浮潛專用的步道，不過由於大白沙的海底深度變化大，潮流比較不穩定，適合中級或高級的水肺潛水；石朗與柴口的海域有較多珍貴的軟硬珊瑚，丰姿綽約的小丑魚、角蝶魚等，形成一幅優美海底景觀，在此浮潛載沈載浮於海中，悠遊觀賞奇妙的珊瑚世界，體驗與水肺潛截然不同的樂趣。

中寮
位於綠島的北岸。在海底地形方面，到處是突起的礁塊，以石珊瑚種類數量較為豐富。水深五、六公尺處可見聚集成片的海雞頭軟珊瑚，離港約四十公尺時，水深約八公尺礁壁上可見倒懸著許多叢生的紅海扇（海流輻輳地區）。

大峽谷
位於綠島的北岸，因其落差大約35公尺而得名。本區為石珊瑚優勢的群聚地，常見種類有：軸孔珊瑚、表孔珊瑚、菊珊瑚、微孔珊瑚，還有大量的海綿及海扇（海流變化大）。

樓門岩
位於綠島東北方的一塊突出海上的門形礁石；在海底礁石崖壁上附著大量的海綿、海鞘、海扇等；還有大型紅海扇珊瑚懸掛於上，在水流湍急時常見成群烏尾冬。本處由於水流強勁，因此一般只有在背流區才適合進行潛水活動。

海參坪
位於綠島東面。珊瑚分布以近岸水深三、四公尺處最多，有角菊珊瑚、穗軟珊瑚及蕈珊瑚等。本區海底底質為珊瑚礁岩與鵝卵石組成，景觀單調，較缺乏亮麗的特色。

溫泉
位於綠島南岸略東處，處於東北季風迎風面，多石珊瑚，魚群較多是不錯的潛水區。常見石珊瑚：軸孔珊瑚、微孔珊瑚、藍珊瑚，另有少許軟珊瑚：穗軟珊瑚及葉形軟珊瑚。

南寮灣
位於綠島西岸，其中以大香菇最具特色。大香菇位於石朗漁業資源保育區水深20公尺處，為已知世界上體型最大的團塊微孔珊瑚體，約有12公尺高，若以其每年成長一公分厚度，估計年齡在1200年以上（世界級的現生生物古蹟）。四周大型石珊瑚群體和軟珊瑚交錯分佈。許多珊瑚群體的直徑可達5公尺，形成獨立珊瑚丘，是非常壯觀的景緻；石珊瑚的種類以星孔珊瑚、微孔珊瑚、雙星珊瑚、斜花珊瑚等為主，軟珊瑚以傘形軟珊瑚為最多。

浮潛準備


＜浮潛業者之義務＞
１．業者對於遊客安全性之簡介、填寫遊客投保名額及遊客切結書。
２．浮潛業者指派核格之浮潛指導員。
３．遊客領取浮潛裝備。
４．浮潛指導員講解裝備名稱及示範使用方式。
＜浮潛基地任務＞
１．浮潛基地之地形、水紋流向介紹。
２．海底生物介紹。
３．編列遊客水性之性能。
４．灘前適應。
５．告知遊客浮潛突發狀況之處理方式。
保險證明

＜若浮潛時發生身體不適突發狀況處理方式＞
１．請求同行業者或伙伴協助帶領其餘遊客。
２．親自將患者拖帶至岸上休息。
＜若浮潛時發生溺水突發狀況處理方式＞
１．請求同行業者或伙伴協助帶領其餘遊客上岸。
２．與另乙名指導員或暗水性遊客將溺水者拖帶上岸。
３．就近店家或請他人通知119及必要時對患者實施人工呼吸。